Nace en la ciudad de México en 1847. Realizó estudios en Ingeniería y más tarde, junto con Justo Sierra, Ives Limantour y Emilio Rabasa, forma parte del grupo de científicos asesores del gobierno de Porfirio Díaz.

Escribe varias obras de análisis histórico que causan gran polémica como: Las grandes mentiras de nuestra historia, El verdadero Juárez y La guerra de Independencia.

Bulnes escribe diversos artículos en los que describe con gran realismo la situación de México y las dificultades a las que se enfrentaba la nación, también escribió un libro al respecto, titulado precisamente "Los grandes problemas de México". Fue uno de los fundadores de la Escuela Nacional Preparatoria.

Como ideólogo del régimen porfirista atacó con severidad el movimiento revolucionario. Murió en la Ciudad de Guadalajara, Jalisco en 1924.