Nace en Guadalajara, Jalisco el 14 de febrero de 1781. Fue hijo del comerciante José Lugardo Gómez de la Vara, español peninsular, y María Josefa Martínez y Farías, criolla.

Se titula como médico en 1807 y empieza a ejercer su carrera en Aguascalientes, donde es elegido regidor del Ayuntamiento.

En 1812 lo nombran representante ante las Cortes de Cádiz, en España. Vuelve a México cuando es consumada la Independencia y es electo diputado al primer Congreso Constituyente. Valentín Gómez Farías dedica su vida a defender sus ideas liberales.

En 1833, como vicepresidente de la República, cubre un interinato de Santa Anna, durante el cual realiza una intensa labor administrativa y político-social del país: Propone la libertad de expresión; la abolición de los privilegios de la iglesia y el ejército; supresión de las órdenes monásticas y del monopolio de la iglesia en la enseñanza.

También trata de consolidar la deuda pública y su amortización. A su cargo se consignan varias propiedades de la iglesia con sus respectivas rentas, con lo que financia el establecimiento de nuevos organismos, como la escuela de Ciencias Médicas, que ha llegado hasta nuestros días convertida en la Facultad de Medicina de la Universidad. Dictó una ley para organizar una biblioteca nacional y un establecimiento de Bellas Artes que debía ocuparse del arreglo de museos e institutos.

El pronunciamiento en Cuernavaca, Morelos, por "Religión y Fueros", hace que Santa Anna reasuma el gobierno y se ponga punto final a las reformas iniciadas por Gómez Farías, en abril de 1834. Uno de los precursores de la Reforma y de la Constitución de 1857, dedicó su vida a sus ideales liberales.

Durante varios períodos breves ocupó la presidencia del país y, desde ahí, ejerció una intensa labor administrativa, consolidando la deuda pública, saneando las finanzas, apoyando a los grupos indígenas y tratando de disminuir las ilimitadas facultades de la Iglesia Católica.

También logró que el poder de los civiles dominara sobre los militares y eclesiásticos. El 23 de diciembre de 1846, el Congreso nombra como Presidente interino al General Santa Anna, y para Vicepresidente a Valentín Gómez Farías, quien gobierna la República hasta el 21 de marzo de 1847. Es postulado a la presidencia del país en 1850, pero pierde.

El 5 de febrero de 1857, Valentín Gómez Farías, en el sitio de honor como Presidente de la Cámara, vio con gran satisfacción que su trabajo, sus exilios y fatigas, no habían sido en vano: ese día se firmó la nueva Constitución. Murió el 5 de julio de 1858 en la ciudad de México.

Al fallecer, la iglesia le negó cristiana sepultura y su cuerpo tuvo que ser sepultado en la huerta de la casa de su hija en Mixcoac. En julio de 1933, sus restos fueron trasladados a la Rotonda de los Hombres Ilustres.