Nació el 22 de agosto de 1645 en la Ciudad de México. Sus padres don Carlos de Sigüenza y Dionisia Suárez de Figueroa.

A los diez y seis años, ingresa al colegio de jesuitas, su noviciado en Tepozotlán y luego en el Colegio del Espíritu Santo, en Puebla. Por su vocación de intelectual y sus conocimientos científicos, obtiene la cátedra de Matemáticas y Astrología en la real y pontificia Universidad de México

Gracias a su tío Luis de Góngora adquiere el gusto por la poesía, y ya a los 17 años contaba con algunos escritos, como primavera indiana.

En 1667 deja la Compañía de Jesús y entra en la Universidad para estudiar Teología y Matemáticas. Más tarde, en 1672 es catedrático en la Real y Pontificia Universidad de México y ese mismo año se ordena sacerdote.

Carlos de Sigüenza es una de las personalidades más características del barroco novohispano, y paradójicamente precursor del pensamiento científico del siglo XVIII. Sigüenza era un gran conocedor de la astrología, escribió varias obras, entre ellas: Belerofonte matemático contra la Quimera astrológica y Libras astronómica.

Como historiador, recibió el legado de Alva de Ixtlixóchitl e incluso existe la anécdota de que en 1692 puso en riesgo su vida por salvar valiosos libros y códices del incendio del Ayuntamiento en 1692.

Fue perito en fortificaciones, desagües y conocedor profundo del pasado indígena. Se considera a Sigüenza como el precursor del periodismo mexicano por el Mercurio Volante, donde escribió sus experiencias en las lejanas regiones de Nuevo México, cuando desempeñaba el cargo de cosmógrafo.

También fue precursor de la novela con su obra "La Relación de los infortunios de Alonso Ramírez". En el Triunfo Parténico, de 1683, reseña los certámenes literarios promovidos por la Real y Pontificia Universidad, este documento es extraordinariamente valioso para el estudio de las letras mexicanas a fines del siglo XVII.

El 9 de agosto de 1700 hace su testamento, legó sus libros y manuscritos al Colegio de San Pedro y San Pablo. Murió el 22 de agosto de 1700.

Góngora fue un ilustre hombre de ciencia y respetado escritor, sus escritos se caracterizaron por el recargamiento minucioso del gusto barroco, rico en procedimientos técnicos y novedosos por el color de los vocablos regionales.