Nace en la Villa de Tacuba, D.F. el 10 de marzo de 1789.

Al terminar su educación primaria ingresa al seminario, donde hizo su carrera como alumno externo. Se recibe de abogado en 1811. Fue síndico del Ayuntamiento de la Capitanía General.

En el año de 1820, el rey de España lo nombra oidor de Quito, pero no ejerce el puesto, pues decida unirse al movimiento de independencia. Agustín de Iturbide lo nombra consejero de Estado y le concede la cruz de la Orden de Guadalupe. Fue electo como uno de los cuatro oradores de la Junta Constituyente; también fue ministro de la Suprema Corte en 1824.

A consecuencia de la renuncia del General Santa Anna a la Presidencia, el 16 de septiembre de 1847, Manuel de la Peña establece un gobierno provisional en Toluca a partir del 26 de septiembre de ese año. Nuevamente, en su carácter de presidente de la Suprema Corte, se encarga de la Presidencia de la República el 8 de enero de 1848. Gobierna hasta el 3 de junio del mismo año, cuando toma posesión el Presidente Constitucional José Joaquín Herrera.

Un hecho importante durante su gobierno fue el fin de la Guerra con Estados Unidos con la firma de los Tratados de Guadalupe-Hidalgo con aquel país, en virtud de los cuales México cedió Texas, Nuevo México y Alta California a cambio de poner fin la guerra.

Falleció el 2 de enero de 1850, en la Ciudad de México.